O Yacht-Master II está equipado com o calibre 4162, uma evolução do calibre 4161 que vinha com a versão anterior do modelo. Concebido especificamente para as sequências de partida de regatas, o calibre 4162 apresenta uma função exclusiva desenvolvida pela Rolex: uma contagem decrescente programável com memória mecânica sincronizável em tempo real.
O calibre 4162 integra algumas das principais inovações que a Rolex introduziu nos seus movimentos, entre as quais o escape Chronergy. Graças à arquitetura do seu tambor e à eficiência superior do seu escape, este movimento conta com uma reserva de marcha de aproximadamente 72 horas.